Mikroskop merupakan peralatan biologi atau yang perlu dirawat dengan baik. Pemeliharaan alat laboratorium sangat diperlukan untuk kesinambungan kegiatan laboratorium, termasuk dalam hal ini pemeliharaan mikroskop.
1. Mikroskop harus disimpan di tempat sejuk, kering, bebas debu dan bebas dari uap asam dan basa. Tempat penyesuaian yang sesuai ialah kotak mikroskop yang dilengkapi dengan silica gel, yang bersifat higroskopis, sehingga lingkungan sekitar mikroskop tidak lembab.
2. Bagian mikroskop non optik, terbuat dari logam atau plastik, dapat dibersihkan dengan menggunakan kain fanel. Untuk membersihkan debu yang terselip di bagian mikroskop tersebut dapat digunakan kuas kecil atau kuas lensa kamera.
3. Lensa-lensa mikroskop (okuler, objektif, dan kondensor) dibersihkan dengan menggunakan tisue lensa yang diberi alkohol 70%. Jangan membersihkan lensa menggunakan sapu tangan atau lap kain.
4. Sisa minyak imersi pada lens objektif dapat dibersihkan dengan xilol (xylene). Pada penggunaan xilol haruslah hati-hati, jangan sampai cairan xilol menempel pada bagian mikroskop non optik, karena akan merusak cat atau merusak bahan plastik, dan juga jangan menggunakan larutan ini kebagian lensa yang lain kecuali produsennya menyatakan bahwa tindakan tersebut aman.
5. Sebelum menyimpan mikroskop, bersihkan selalu mikroskop tersebut, terutama hapus semua minyak imersi di permukaan lensa, sehingga partikel yang halus tidak menempel dan menggumpal serta mengering. Minyak dan partikel halus pada lensa dapat mengaburkannya dan menyebabkan goresan. Hal ini menurunkan kemampuan lensa. Preparat yang tertinggal di atas meja mikroskop merupakan pertanda jelas suatukelalaian/kecerobohan.
6. Sebelum menyimpan mikroskop, meja mikroskop diatur lagi dan lensa objektif dijauhkan dari meja preparat dengan memutar alat penggeraknya ke posisi semula, kondensor diturunkan kembali, lampu dikecilkan intensitasnya lalu dimatikan (kalau mikroskop listrik).
Dengan mematuhi petunjuk penggunaan dan pemeliharaan mikroskop, diharapkan mikroskop dapat bertahan lebih lama untuk dipergunakan pada semua kegiatan laboratorium yang lainnya.
